製藥廢水的處理難點在於廢水中的某些成分有可能抑製微生物的生長，進一步降低廢水的可生化性，使出水不符合排放標準。因此，提高可生化性是製藥廢水處理過程中麵臨的首要問題。目前，製藥廢水的處理方法主要有生化法、化學法和物理化學法以及其組合方法。

化學法：

　　化學法是雲南汙水處理的傳統方法，目前以氧化法、電解法以及高級氧化法等作為製藥廢水的預處理及$級處理比較常見。

　研究錶明，KMnO4氧化法預處理中草藥製藥廢水的優化反應條件為：KMnO4投加量13mg/L，反應溫度60℃，反應時間25min，pH為6，預氧化法為後續處理減輕了很大難度，但是由於反應溫度過高，給實際應用提出了新的問題。

　　採用三維電極法對某製藥廠維生素製藥廢水深度處理進行試驗研究，優化工藝參數：電解電壓為10V，極闆間距8cm，電解時間20min，初始pH為4，此時COD和色度的最大去除率分別為59.5%和93.57%，但是酸性環境中可能會産生對電極和反應槽的腐蝕作用，所以尋求適合的催化劑，使反應在不調節pH或者在稍偏酸的環境中也有較好的處理效果，從而降低運行的成本。

　　微電解法目前已應用於工業廢水的處理。公司技術人員對鐵炭微電解係統處理高氮、難降解製藥廢水進行了研究，結果錶明，填料的粒度，pH、鐵碳含量、氣水體積比和停留時間，影響鐵炭微電解係統的脫氮效率。技術人員等採用鐵炭微電解法預處理COD為10.08g/L，pH為8.3，鹽質量分數為3.5%，BOD5約為1400mg/L，B/C為0.14的高含鹽製藥廢水，優化反應條件：pH為4.5，鐵投加量40g/L，鐵炭質量比1：1，反應時間4h，COD去除率可達40%以上，並可以提高廢水的可生化性。該法處理設備簡單、易製作、操作方便、處理成本較低、適用範圍廣、易於同其他方法聯合使用等特點。

　　化學法也可作為製藥廢水的深度處理方法。公司技術人員研究錶明，Fenton氧化抗生素廢水2級處理出水的單因素試驗優化工藝條件為：H2O2投加量為5mL/L，初始pH為4，Fe2+、H2O2摩爾比為1/20，反應時間為60min，實驗證明了Fenton氧化作為抗生素廢水3級處理的可行性，但在實際工程中的應用還有待考量。以臨沂某製藥廠廢水為研究對象，對O3/H2O2處理製藥廢水的影響因素進行試驗研究，結果錶明，在深度處理進水COD約為480mg/L時，優化工藝參數：pH為9，臭氧投加量1247mg/(L·h)，處理時間4.5h，COD去除率可達到83%。AchilleosA等利用UV-A/TiO2光催化氧化法降解製藥廢水中抗生素類藥物雙氯芬酸等有機汙染物，主要研究了催化劑的種類和負荷、雙氯芬酸的初始含量及H2O2的用量等因素對處理效果的影響。

物化法：

　　物化處理法通常情況下是用於高含量或生化性較差製藥廢水的預處理，也可用於後續的深度處理。主要的物理化學處理方法有混凝、吸附、氣浮、離子交換及膜分離法等。

　　混凝是目前比較成熟的一項廢水處理技術，通常作為預處理工藝。採用混凝沈澱工藝預處理某製藥企業中高含量製藥廢水，COD的去除率可達到40%以上。對Osmonics的DK和DL納濾膜深度處理抗生素製藥廢水的效果進行試驗研究，結果錶明，在相同條件下，DK膜的通量隨時間的下降幅度較小，截留率較大;隨著溶質含量或溶液溫度的升高，納濾膜的通量下降幅度增大，截留率增大。膜分離技術可精細到分子水平，在汙染物分離過程中無需添加任何藥劑，且無任何相變，在製藥廢水深度處理方麵有很大的發展空間。公司技術人員研究ABR-MBR聯合工藝處理高含量製藥廢水，進水COD為2500mg/L左右，可生化性差，出水水質達標。DolarD等研究了混凝-微濾預處理後採用反滲透和納濾處理製藥廢水，出水效果很好，汙染物去除率基本達到100%，並成功進行了膜清洗。